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探索无尽的小RNA宇宙--新方向和新方法
在过去20多年中，非编码小RNA（small non-coding RNAs (sncRNA)）的研究不断地给学界带来惊喜。现有证据充分证明siRNA, miRNA, piRNA, 等经典sncRNA在基因转录后调控以及多种疾病发生过程中起着重要的作用。然而，随着测序技术和生物信息分析工具的进步，近年来学界逐步认识到在熟知的经典小RNA之外还存在大量其它类型的新型sncRNA，例如近年来发现的tRNA-derived small RNA (tsRNA)、rRNA-derived small RNA (rsRNA)等。这些小RNA具有比经典小RNA更古老的进化起源，而且它们的生成(biogenesis)可以被多种RNA酶（RNase）和RNA修饰调控，另外它们在细胞的生理功能以及疾病发生中也发挥着重要的作用。目前对这些新型sncRNA及其RNA修饰的研究正在逐步打开探索非编码小RNA宇宙的新纪元。
넶84 2022-04-19 -
一种以荧光激活模式运行的基于 Cas6 的 RNA 跟踪平台
最近，荧光蛋白标记的 Cas9 和 Cas13 在活细胞 RNA 追踪中的创新应用进一步丰富了工具箱。然而，Cas9/Cas13 平台以及广泛使用的 MS2-MCP 技术未能解决高背景噪声的问题。最近有报道称，CRISPR/Cas6 在与 RNA 上的 Cas6 结合位点 (CBS) 相互作用后会表现出变构改变。在这里，我们利用这一特性设计了一个基于 Cas6 的开关平台，用于在体内检测目标 RNA。将分裂的维纳斯片段结合到内切核糖核酸酶突变的大肠杆菌的两端Cas6（d Ec Cas6）允许配体（CBS）激活分裂维纳斯互补。我们将此平台命名为基于 Cas6 的荧光互补 (Cas6FC)。在活细胞中，Cas6FC 可以检测几乎没有背景噪声的目标 RNA。此外，只要在感兴趣的 RNA 中标记一个 CBS (29nt) 副本，就能够打开 Cas6FC 荧光，这大大降低了目标 RNA 构象和定位的潜在改变的可能性。因此，我们开发了一种新的 RNA 跟踪平台，其固有地具有高灵敏度和特异性。
넶535 2022-04-19
